Proyecto UV permite trazar el COVID mediante aguas servidas
La detección del ARN del coronavirus en aguas residuales permitiría proporcionar un sistema de alerta temprana que ayude a pesquisar lugares críticos o focalizar testeos. Identificar de variantes es posible, pero con secuenciación.
Los desechos orgánicos humanos, como heces y orina, que terminan en el alcantarillado, poseen importante información del SARS-CoV-2 y que investigadores de todo el mundo están utilizando.
Dentro de algunos trabajos ya publicados, investigadores de Australia en la revista Science of the Total Environment, confirmaron la primera detección de SARS-CoV-2 en aguas residuales no tratadas en esa nación. Con muestras recogidas en Brisbane, se descubrió mediante PCR la presencia del coronavirus incluso hasta tres semanas antes de que se informaran los primeros casos.
La región de Valparaíso no se ha quedado atrás en el tema y el Centro de Micro Bioinnovación (CMBi) de la Universidad de Valparaíso comenzó hace un año analizando la concentración de material genético del virus SARS-CoV-2 en aguas servidas de las comunas de Valparaíso, Viña del Mar, La Ligua y Los Andes.
La directora del CMBi, Claudia Ibacahe, doctora en Microbiología y académica de la Escuela de Nutrición y Dietética de la Facultad de Farmacia de la UV es la encargada del estudio y quien aclara dudas.
-A casi un año de haber iniciado el estudio de vigilancia epidemiológica a través de aguas residuales en algunas comunas de la región, ¿qué conclusiones se han podido sacar?
-Al igual que otros grupos que están realizando la detección de material genético SARS-CoV-2 en aguas servidas, hemos observado una relación entre la concentración en estas aguas y los casos activos en las áreas analizadas.
-¿Podría explicar de manera simple cómo funciona el sistema? Es decir, tras la toma de muestras, ¿cuánto demora el proceso de análisis y la detección del virus en las aguas servidas?
-Nuestro estudio se basa en la detección de material genético del virus SARS-CoV-2 desde aguas servidas. Para esto trabajamos en colaboración con ESVAL, la empresa sanitaria de la región. El proceso tiene 3 pasos fundamentales y críticos: primero, debemos concentrar el agua, ya que el material genético del virus se encuentra en bajas concentraciones en este tipo de muestras. Segundo, obtener el material genético que es ARN y es una molécula muy lábil, se degrada con gran facilidad. Y por último, la detección y cuantificación del material genético del virus a través de la técnica de RT-PCR cuantitativa (que es la misma estrategia que se utiliza para muestras clínicas). Tal como mencioné antes, nosotros determinamos material genético y no partículas virales. Es decir, detectamos una parte del virus. Hay diferentes estudios internacionales que evalúan cuánto perdura el material genético de este virus en las aguas servidas, donde están expuestas a diferentes compuestos que pueden favorecer su degradación. Esto va a depender de la calidad de las aguas y la temperatura. Por ejemplo a 4 grados Celsius pueden mantenerse por hasta 20 días.
-¿Es posible identificar variantes del virus SarsCoV-2 como Delta de manera rápida, o es un proceso que requiere de otra tecnología y encarece el estudio? -Hoy en día la principal estrategia para identificar variantes de SARS-CoV-2 es la secuenciación del material genético de este virus. Esto lo hace actualmente el ISP en nuestro país. Sin embargo, existen también estrategias complementarias que permiten identificar ciertas variantes utilizando la técnica de RT-PCR cuantitativa. Esto entonces, permite la detección de ciertas variantes (cada sistema identifica sólo algunos tipos) por esta metodología. Si bien la secuenciacion es el gold standard para la detección de variantes y el seguimiento genomics porque permite determinar todos las mutaciones o cambios que presenta el genoma de virus, estas estrategias complementarias se presentan como una alternativa para estudios como en de aguas servidas para la detección de ciertas variantes de interés y conocer su circulación a nivel comunitario.
-¿Qué avances ha tenido el proyecto binacional (Chile-Perú) para desarrollar un modelo estadístico de alerta temprana para predecir eventuales brotes infecciosos en la población?
-Actualmente nos encontramos trabajando con la Universidad Nacional Mayor de San Marcos en el desarrollo de un modelo de alerta temprana basado en la concentración de material genético viral en aguas servidas. Este proyecto comenzó este año y el estudio se lleva a cabo en la región de Valparaíso y zona centro del Perú.